办理程序——
1、 新申请认定企业，先在网上填报相关材料，打印盖章后送到企业注册地的区县科委、各分园或各主管局的科技部门（同时报送三套完整的材料，其中一份经认定办审核后返回企业留存，一份市认定办存档留用，一份返还各主管部门）。由各主管部门进行初审,核对申报材料的证件复印件并且盖章，同时在网上填上初审意见后上报市高新技术企业认定办公室。
　　2、 审核及现场考查。全面实行网上申报、网上审批的方法。市高新技术企业认定办公室根据认定高新技术企业标准和条件，抽取15%左右的企业，组织专家对申请单位进行材料审核及现场考查。
　　3、 审批。上海市科学技术委员会对审查合格的企业进行审批发文，并颁发《上海市高新技术企业认定证书》，在"上海科技"网站和“上海张江高新技术产业开发区”网站上公告上海市高新技术企业名录。
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所要准备的材料——　
　1、 填写《上海市高新技术产业开发区高新技术企业认定申请表》word格式下载；PDF格式下载
　　2、 填写《上海市高新技术企业认定单位情况简表》（此表在填写完《申请表》后可以自动生成）
　　3、 营业执照（副本）复印件；
　　4、 企业章程、技术、生产、财务管理制度；
　　5、 上年度经审计的财务报表复印件（资产负债表、利润表或损益表）及审计报告；
　　6、 经主管税务局机关审核（盖章）的《企业所得税年度纳税申报表（主表）》；
　　7、 《企业所得税年度纳税申报表——技术开发经费加计扣除明细表》、
　　8 、获奖证书复印件（包括投产5年内的高新技术产品的各种奖状及企业管理的各类获奖证书等）；
　　9、 专利或软件著作权证书复印件；通过各类体系认证的资质证书，需提交复印件。
　　10、提供有关诚信资质证明复印件（纳税信用、财务会计信用、工商评价或具有资质的诚信公司出具的有关诚信资质证明）；
　　11、 获得"先进技术企业"称号的单位，附证书复印件；
　　12、 申请认定上海市高新技术企业书面报告。报告内容如下：
　　 1） 企业基本情况（企业资本结构、人员结构、企业规模、主要产品等）；
　　 2） 高新技术产品的介绍（指产品的技术水平与国内外同类产品的比较，产品的销售、市场占有和出口创汇等情况）；
　　 3） 生产装备及管理现状（包括有那些先进的仪器装备，是否已建立质量保证体系、拥有知识产权，特别是自主知识产权、企业诚信体系及现代企业制度管理等）；
　　 4） 科研开发经费的投入（包括在研项目及在开发项目的水平，重点反映企业的技术创新情况、产品市场前景及产业化前景）；
　　 5） 企业的发展措施和目标（包括近期的发展情况和今后的发展方向、打算，以及外向型发展的打算等）。